בשנים 2009-2011 שמש גם מנהל אגף הילדים בבי"ח דנה. פרופ' שמעון רייף הוא פרופסור מן המניין באוניברסיטת תל אביב במסלול מחקר. בשנת 2002 נבחר לראש החוג לרפואת ילדים בפקולטה לרפואה באוניברסיטת תל אביב. בין תפקידיו שימש כמזכיר החברה הישראלית לחקר הכבד, החברה הישראלית לפדיאטריה קלינית, חבר ועד באיגוד גסטרו כיו"ר האיגוד הישראלי לגסטרו ותזונה בילדים. 

פרופ רייף היה עורך משנה של העיתון JOURNAL OF PEDIATRIC GASTROENTEROLOGY בספטמבר 2012 החל פרופ רייף את תפקידו כמנהל מחלקת ילדים בהדסה עין כרם. פרופ' שמעון רייף פרסם מעל 100 מאמרים בתחום רפואת ילדים גסטרו ילדים ומחלות כבד.

מחקריו מתמקדים בתחום מחלות מעי דלקתיות, שלשולים, זיהום בהליקובקטר, אנדוסקופיות בילדים, בעיות בגדילה ותזונת ילדים. מחקרו המעבדתי היחודי מתמקד בפיברזיס כבדי. פרופ' שמעון רייף מומחה ומתמקצע בכל מחלות של גסטרו תזונה וכבד בילדים. בתחום הגסטרו הוא מטפל בבעיות של תינוקות כמו פליטות הקאות אי שקט ורפלוקס. שלשולים עצירות ובעיות בעליה במשקל. אלרגיה ואי סבילות למזונות ולבעיות תזונה בכלל. תחום נוסף הוא דימומים ממערכת העיכול. מחלות מעי דלקתיות כמו קרון או קוליטיס ומחלת צליאק. תחום הכבד הוא מומחיות שלו הוא מטפל בהפרעה בתפקודי כבד, הפטיטיס, כבד שומני ובמחלות מולדות של הכבד ומחלות מטבוליות שקשורות לכבד.